位于新医院住院主楼的东北方，有一栋银灰色的8层大楼，这是第二住院楼，可以为传染病、肿瘤患者提供良好的治疗环境和优质的服务。
这栋楼又被称为“国债楼”，是国家财政拨款2000万元投资建设的国债项目。里面药房、CT检查室、B超检查室、抽血化验室、手术室、重症监护室一应俱全，完全严格按照国家关于传染病的建设规范标准建成，因此这栋楼还担负着一项特殊使命，如果一旦再遇到类似“非典”等突发性传染疾病，它们就变成一个小型的传染病医院，发挥其独立的诊疗系统功能，并通过绿色树林屏障与其他楼宇完全隔离，最大程度维护市民的生命健康。这栋楼安装有5部电梯，两部为病人使用，一部为医务人员专用梯，一部货梯，还有一部直接下到负二楼的污梯，专门负责运送污染用品等，实行洁污分流，杜绝了交叉污染。
一楼大厅宽敞明亮，这里设置了感染病科门诊、核医学门诊（诊治骨质疏松、甲亢等）。二楼、三楼为感染病区，有三条通道通往病房，其中中间一条有门的通道，为医务人员专用通道，两旁为病人通道。像这样有三个通道的分流设置，在柳州还仅此一家。在病人通道旁设有一个护士工作站，专为接待新病人而设，在中间通道内还设置了一个护士工作站，处理日常护理工作。每间病房都与中间通道相通，并以缓冲间相隔。如果遇到严重的传染疾病，医务人员进入病房之前在这里再穿一件隔离衣，做好防护措施。缓冲间内还设置了与病房相通的传递窗，食品、药品、物品等都从这个窗口递入。平时，感染病区收治肝炎、腮腺炎、手足口病、麻疹、水痘等病患者，规范的住院环境及防护隔离更有利患者的治疗和康复。
四楼至七楼为肿瘤科病区，这里环境宁静、安详。人性化的装置随处可见：床头上方都设置有电源、气源、呼叫器、对讲器等设备；在天花板上安装导轨输液装置，方便患者治疗；有陪人椅，晚上拉出来可当床使用；设置床帘，可以挡住隐私；每间病房配备卫生间，内有感应式龙头，并使用独立空调，防止交叉感染。肿瘤科新购进了一套世界上最先进的放射治疗系统，更让病患在放疗时多了一种选择。
在第二住院楼的后面，是医院的后庭大花园，是病友在康复休养时的休闲好去处。
